ニューワールドミレニアム香港ホテル

前の方が言っているように、たぶんダブルブッキングでしょうね。しっかりとクレームを出すことは大事です。その上で、災い転じて福（楽しい旅行）となるように交渉しましょう。予定していたホテルにどの程度思い入れがあるかによりますが、それほどでもないのであれば、ランガムプレイスのデラックスとの比較でアップグレードできたら良しとしましょう。（同金額が前提ですが・・。）
日航香港ですが、初香港の方には良いのではないでしょうか。日航ホテルのアドバンテージは、日系ホテルであることや立地的にDFSは目の前だし、プロムナードにも歩いていけることなど、悪くないと思います。後は、部屋次第でしょう。ジュニアスイートの提示があるようですが、そのようなカテゴリーのスイートはなかったような・・・？
私の記憶では、ハーバービュースイート、デラックスハーバービュースイート、プレデンシャルスイートだったと思うのですが、JALによく確認したほうが良いですよ。私なら、ハーバービュースイート以上であれば、内心ラッキーと思いながら承諾します。
万一、先方の言うジュニアスイートが、スイートではなくスーペリアやデラックスツインであれば、最低でもニッコーフロア（エグゼクティブフロアのサービスとして専用ラウンジ利用や朝食ブッフェ付きです。）のデラックスハーバービュー以上を要求すべきと思います。がんばって交渉して楽しい旅行にしてください。